Real English

Sorry for the bother. 

Так говорят, когда нужно извиниться за доставленное беспокойство или неудобство.

Это разговорный вариант. Более формальный вариант:

Sorry for the inconvenience.

Примеры:

1. – I got two files from you last night. Which one should I use? \ Вчера вечером я получил от тебя два файла. Который мне следует использовать?

- The second. The first was not correct. Sorry for the bother. \ Второй. Первый был неправильный. Прости за неудобство.

2. In a hotel \ В отеле:

- I’d like to change rooms, please. \ Я бы хотел другой номер.

- What seems to be the problem? \ В чем проблема?

- The air-conditioner is not working. \ Не работает кондиционер.

- Alright. We’ll give you another room. Sorry for the inconvenience. \ Хорошо. Мы дадим вам другой номер. Простите за неудобство.